继续延续上一季的剧情，原来穆德受了骗，及时发觉错误后和史考莉串通好来骗政府高层，以潜入一个“作为一个普通FBI特别探员不该进入的地方”搜集需要的资料。本季发展越来越精彩，一些没有被完全改造的混血外星人联合起来抵抗殖民阴谋。史考莉被绑架时子宫被移除，但今年却出现了她的孩子——艾蜜莉。今年制作小组甚至找了两位知名科幻小说家操笔，客串写出两集剧本。另外今年也有一集喜剧。整出X档案为了配合电影的上映，加入了一些角色及内容，“辛迪加”组织的阴谋越来越明显，穆德再一次接近事实的真相。穆德前女友的出现也对穆德与史考莉间的关系做出重大考验。该季结束于吸烟人烧毁了所有X档案卷宗。
演员：詹妮佛·库里奇 F·默里·亚伯拉罕 亚当·迪马克 汤姆·霍兰德 迈克尔·因佩里奥利 奥布瑞·普拉扎 海莉·露·理查森 西奥·詹姆斯 梅格翰·法伊 福田知盛 利奥·伍德尔 贝亚特丽切·格兰诺 萨布里娜·因帕恰托雷 西蒙纳·塔巴斯科
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演员：加里·奥德曼 克里斯汀·斯科特·托马斯 杰克·劳登 萨斯基亚·里维斯 罗莎琳德·以利亚撒 克里斯托弗·钟 艾米-费欧?爱德华兹 露丝·布莱德利 詹姆斯·卡利斯 汤姆·布鲁克 乔纳森·普雷斯 尼克·穆罕默德 伊巴·本纳尼 蒙蒂·本
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